Yayasan Pendidikan Ibnu Sina Batam (YAPISTA) didirikan pada tanggal 27 rajab 1397 H bertepatan dengan tanggal 14 Juli 1977 M sebagai bagian dari simpatisan umat islam setempat terhadap rencana pemerintah RI untuk menjadikan pulau Batam sebagai pusat pembangunan industry,perdagangan dan pariwisata.
Semenjak itu YAPISTA telah menyusun langkah demi langkah sesuai dengan kemampuan dan kepercayaan masyarakat yang diamanahkan kepadanya untuk mendirikan dan membina dari sekolah-sekolah dari tingkat yang paling rendah sampai ke tingkat tertinggi, dalam segala bentuk dan Jurusan/Prodi bertahap.
Sampai pada tahun 1992 YAPISTA telah memiliki dan mengasuh TK,SD,SMP,SMK dan STIE Ibnu Sina, maka atas dasar itu mulailah dipikirkan pendidikan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) yang dipandang sangat relevan dengan kondisi Batam sebagai daerah industri dimana peran pendidikan agama Islam dan Muballigh sangat diperlukan untuk meningkatkan sumber daya manusia bagi pembangunan bidang keagamaan di pulau Batam dan sekitarnya.
Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) membuka jurusan PAI yang didirikan berdasarkan SK Nomor.83/KPTS/YAPISTA/VII/1998, tentang pengangkatan unsur-unsur pimpinan pertama STAI tanggal 31 Juli1998. Izin operasional diperoleh berdasarkan SK Kopertais Wilayah XII Riau-Kepri Nomor 03.XII/K/1998 dan tahun 2001 dengan keputusan Kopertais Wilayah XII Riau-Kepri atas nama Menteri Agama RI No.6/K/2001 tanggal 16 Mei 2001 STAI Ibnu Sina di tingkatkan statusnya menjadi terdaftar.
Selanjutnya izin perpanjangan penyelenggaraan PAI STAI Ibnu Sina SK Dirjen Nomor: Dj.I/72/2007,kemudian perpanjangan izin berikutnya berdasarkan SK Nomor : 593 Tahun 2012, izin penyelenggaraan prodi Muamalah/HESy (Hukum Ekonomi Syariah) SK Dirjen Nomor: Dj.I/614/2009. Dan berdasarkan SK. Nomor : SK-264/KPTS/YAPISTA/VII/2014. Yasyasan Pendidikan Ibnu Sina telah mengangkat unsur pimpinan STAI Ibnu Sina yang baru.
STAI Ibnu Sina dalam kapasitasnya sebagai Lembaga Pendidikan didirikan atas dasar ikut partisipasi dalam Pembangunan Nasional, khususnya dalam pembangunan dunia pendidikan yang berlandaskan Pancasila dan cita-cita UUD 1945.
Dengan Undang-undang Pendidikan Nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, maka STAI Ibnu Sina sebagai sub sistem dalam pendidikan nasional secara formal dituntut untuk dapat menjabarkan secara opersional kegiatan belajar-mengajar, sehingga diharapkan STAI Ibnu Sina dapat menghasilakan alumni yang senantiasa berkembang dan dapat memenuhi harapan dan tuntutan masyarakat.
Atas dasar itulah, maka pada tanggal 2 Mei 2016 melalui Rapat Senat STAI Ibnu Sina dan berpedoman pada Keputusan Menteri Agama RI Nomor 520 tahun 2001 tentang Pedoman Penyusunan Statuta Perguruan Tinggi Agama, Statuta STAI Ibnu Sina ini disempurnakan, sehingga dapat lebih berfungsi sebagai pedoman dasar dalam merencanakan, mengembangkan dan menyelenggarakan kegiatan Tri Darma Perguruan Tinggi dengan perundang-undangan dan perarutan yang berlaku.